Prioritou Integrovaného regionálního operačního programu je umožnění vyváženého rozvoje území, zlepšení veřejných služeb a veřejné správy a zajištění udržitelného rozvoje v obcích, městech a regionech.

Cíle programu bude dosaženo snižováním územních rozdílů, zkvalitněním infrastruktury a posílením konkurenceschopnosti v regionech. Dále pak posílením veřejných služeb, zaměstnanosti a podpory vzdělanosti, jako jednoho z pilířů zvyšování kvality života obyvatel, a posílením institucionální kapacity veřejné správy.